Die Europäische Wasserrahmenrichtlinie (WRRL) zielt darauf ab, bis spätestens 2027 einen guten Zustand für alle Oberflächengewässer und Grundwasserkörper zu erreichen. Die Kriterien für Oberflächengewässer sind eine gute chemische und gute biologische Qualität. Für das Grundwasser gelten ein guter chemischer und ein guter mengenmäßiger Zustand. Eine Verschlechterung des Zustands der Wasserkörper muss verhindert werden.

In der Vergangenheit hat die GPRW die technische AGDR-Arbeitsgruppe Gewässergüte/Monitoring bei der grenzüberschreitenden Erhebung aktueller Daten zur Gewässergüte und der Analyse von Gemeinsamkeiten und Unterschieden bei der Bewertung der Gewässergüte unterstützt.
Neben der Arbeitsgruppe Gewässergüte/Monitoring/Fischwanderung ist ebenfalls die Arbeitsgruppe Grundwasser aktiv. Diese Arbeitsgruppen erstatten der Steuerungsgruppe (SGDR) in jedem WRRL-6-Jahreszyklus Bericht.
In diesem Zusammenhang sei darauf hingewiesen, dass die regionalen Wasserbehörden - abgesehen von der Optimierung von Abwasserkläranlagen - nur wenige oder gar keine Instrumente zur Verringerung der Belastung mit problematischen Stoffen haben. Sowohl das Düngerecht als auch die Zulassungspolitik für Schädlingsbekämpfungsmittel (die zusammen die größten Probleme in regionalen Gewässern verursachen) liegen in nationaler Zuständigkeit.